അഭയ കേസിൽ ശിക്ഷിക്കപ്പെട്ട സിസ്റ്റർ സെഫിയെ കന്യകാത്വ പരിശോധനയ്ക്ക് വിധേയയാക്കിയത് ഭരണഘടനാ വിരുദ്ധമാണെന്ന് ഡൽഹി ഹൈക്കോടതി. ഒരു വ്യക്തിയുടെ അടിസ്ഥാന അന്തസ്സ് സംരക്ഷിക്കപ്പെടാനുള്ള അവകാശമാണ് സി.ബി.ഐ നിഷേധിച്ചത്. ഇത്തരം പരിശോധനകളിൽ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്ക് ബോധവത്കരണം നടത്താൻ, 2009ൽ സിസ്റ്റർ സെഫി നൽകിയ ഹർജി തീർപ്പാക്കിക്കൊണ്ടു സിബിഐക്കു കോടതി നിർദേശം നൽകി.
കന്യകാത്വ പരിശോധനയ്ക്ക് എതിരെ സിസ്റ്റർ സെഫി നൽകിയ പരാതി നേരത്തെ മനുഷ്യാവകാശ കമ്മിഷൻ തള്ളിയിരുന്നു. ഇതടക്കം ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് സിസ്റ്റർ സെഫി ഡൽഹി ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചത്. തന്റെ സമ്മതമില്ലാതെ കന്യകാത്വ പരിശോധന നടത്തിയെന്നായിരുന്നു പ്രധാന ആരോപണം. ഇതിന്റെ റിപ്പോർട്ട് തന്റെ എതിർപ്പ് പരിഗണിക്കാതെ ആണ് പുറത്തുവിട്ടത്. കന്യാചർമം വച്ചുപിടിപ്പിക്കൽ ശസ്ത്രക്രിയ നടത്തിയെന്ന തെറ്റായ കഥ സിബിഐ പ്രചരിപ്പിച്ചെന്നും സിസ്റ്റർ സെഫി ഹർജ്ജിയിൽ ആരോപിച്ചു. കസ്റ്റഡിയിൽ കഴിയുമ്പോഴാണ് കന്യകാത്യ പരിശോധനയ്ക്ക് വിധേയ ആയത്. സെഫിയുടെ വാദങ്ങളിൽ അടിസ്ഥാന ഭരണഘടനാ പ്രശ്നങ്ങൾ ഉണ്ടെന്ന് ഡൽഹി ഹൈക്കോടതി നിരിക്ഷിച്ചു.
ജുഡീഷ്യൽ കസ്റ്റഡിയുടെ കീഴിലോ പൊലീസ് കസ്റ്റഡിയിലോ ഉള്ള വനിതാ തടവുകാരിയുടെ കന്യകാത്വ പരിശോധന നടത്തുന്നത് ഭരണഘടനാ വിരുദ്ധമാണ്. സിസ്റ്റർ സെഫിയ്ക്ക് ഇതിന് ഇരയാകെണ്ടി വന്നു. ഭരണഘടനയുടെ 21-ാം അനുച്ഛേദത്തിന്റെ ലംഘനമാണ് സംഭവിച്ചത്. ക്രിമിനൽ കേസ് പ്രതിയാണെന്നു കരുതി കന്യകാത്വ പരിശോധന നടത്താനാവില്ല. ഇരയാണോ പ്രതിയാണോ എന്നതൊന്നും ഇത്തരം പരിശോധനയ്ക്കു ന്യായീകരണമല്ലെന്നു കോടതി പറഞ്ഞു. പരിശോധന നടത്തിയ സിബിഐക്കെതിരെ സിസ്റ്റർ സെഫിക്കു നിയമ നടപടികളുമായി മുന്നോട്ടുപോവാമെന്ന് ജസ്റ്റിസ് സ്വർണകാന്ത ശർമ വ്യക്തമാക്കി.