സംഘടനയുടെ പ്രാഥമിക അഗത്വത്തിൽനിന്നും നിഖിലിനെ പുറത്താക്കിയതായി എസ്എഫ്ഐ സംസ്ഥാന ഘടകം വാർത്താക്കുറിപ്പിലൂടെ അറിയിച്ചു. ചെയ്യാൻ പാടില്ലാത്ത കാര്യമാണ് നിഖിലിന്റെ ഭാഗത്തുനിന്നും ഉണ്ടായത്. വിശദീകരണം തേടിയപ്പോൾ നിഖിൽ പൂർണമായും സംഘടനയെ തെറ്റിദ്ധരിപ്പിച്ചു. മാഫിയ സംഘത്തിന്റെ സഹായത്തോടെയാണ് സർട്ടിഫിക്കറ്റ് തയാറാക്കിയത്. മുഴുവൻ പ്രവർത്തകർക്കും പാഠമാകാൻ നിഖിലിനെ പുറത്താക്കുകയാണെന്നും.
ഡിഗ്രി സർട്ടിഫിക്കറ്റുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ആക്ഷേപം ഉയർന്നുവന്ന ഘട്ടത്തിൽ തന്നെ സംഘടനയുടെ മുഴുവൻ ഘടകങ്ങളിൽനിന്നും അദ്ദേഹത്തെ മാറ്റി നിർത്തിയിരുന്നു. തുടർന്ന് അദ്ദേഹത്തോട് വിശദീകരണം ആവശ്യപ്പെടുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ സംഘടനയെ പൂർണമായും തെറ്റിദ്ധരിപ്പിക്കുന്ന രീതിയിലാണ് അദ്ദേഹം വിശദീകരണം നൽകിയത്. അദ്ദേഹം നൽകിയ സർട്ടിഫിക്കറ്റുകളിൽ കേരള യൂണിവേഴ്സിറ്റിയുടെ എലിജിബിലിറ്റി സർട്ടിഫിക്കറ്റിനെ സംബന്ധിച്ചു മാത്രമാണ് എന്തെങ്കിലും പരിശോധന നടത്തുവാനുള്ള സാധ്യത എസ്എഫ്ഐക്ക് മുമ്പിൽ ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഇത് പരിശോധിച്ച സമയത്ത് കേരള യൂണിവേഴ്സിറ്റിയുടെ എലിജിബിലിറ്റി സർട്ടിഫിക്കറ്റ് ഒറിജിനലാണെന്ന് ബോധ്യപ്പെടുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ കലിംഗ യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിൽ റെഗുലറായി കോഴ്സ് പൂർത്തീകരിക്കാൻ നിഖിൽ തോമസിന് എങ്ങനെ സാധിച്ചു എന്ന ആശങ്ക എസ്എഫ്ഐ സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിക്ക് ഉണ്ടായിരുന്നു. അത് മാധ്യമങ്ങളോട് പങ്കുവച്ചതുമാണ്. ഇത് സംബന്ധിച്ച് പരിശോധന നടത്താൻ കലിംഗ യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിൽ വിവരാവകാശം നൽകുക മാത്രമായിരുന്നു എസ്എഫ്ഐയുടെ മുൻപിലുള്ള മാർഗം. ഇതും മാധ്യമപ്രവർത്തകരോട് വിശദീകരിച്ചതാണ്. എന്നാൽ പിന്നീട് പുറത്തുവന്ന വാർത്തകൾ പ്രകാരം നിഖിൽ തോമസ് കലിംഗ യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിലെ വിദ്യാർഥി ആയിരുന്നില്ല എന്നാണ് മനസിലാക്കാൻ സാധിക്കുന്നത്.
കേരളത്തിന് പുറത്തുള്ള പല യൂണിവേഴ്സിറ്റികളുടെയും പേരിൽ വ്യാജ സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നിർമിച്ച് നൽകുന്ന ഏജൻസികൾ കേരളത്തിന് അകത്തും പുറത്തും പ്രവർത്തിക്കുന്നുണ്ട്. ഇത് രാജ്യമാകെ പടർന്ന് കിടക്കുന്ന മാഫിയാ സംഘമാണ്. ഇത്തരം മാഫിയാ സംഘത്തിന്റെ സഹായത്തോടെ സർട്ടിഫിക്കറ്റ് നിർമിക്കുന്ന ഒട്ടനേകം ചെറുപ്പക്കാരിൽ ഒരാളായി നിഖിൽ തോമസും മാറി എന്നു വേണം മനസിലാക്കാൻ. ഒരിക്കലും ഒരു എസ്എഫ്ഐ പ്രവർത്തകൻ ചെയ്യാൻ പാടില്ലാത്ത പ്രവർത്തനമാണ് നിഖിൽ തോമസ് ചെയ്തത്. അതിനാൽ എസ്എഫ്ഐയുടെ മുഴുവൻ പ്രവർത്തകർക്കും പാഠമാകുന്ന രീതിയിൽ നിഖിൽ തോമസിനെ സംഘടനയുടെ പ്രാഥമികാംഗത്വത്തിൽ നിന്ന് പുറത്താക്കിയതായി സംസ്ഥാന പ്രസിഡന്റ് കെ.അനുശ്രീ, സെക്രട്ടറി പി.എം. ആർഷോ എന്നിവർ പ്രസ്താവനയിലൂടെ അറിയിച്ചു.